Estamos en Setiembre de 1224, San Francisco de Asís tiene ya 42 o 43 años, es una noche de verano con luna llena; Fray León llama a maitines a San Francisco pero éste no responde; Fray León lo busca preocupado y lo encuentra en un claro del bosque, de rodillas en medio de un gran resplandor, con el rostro al cielo mientras hablaba «¿Quién eres tú, mi Señor, y quién soy yo, gusano despreciable e inútil siervo tuyo«, y levantaba las manos por tres veces. El ruido del caminar delató a fray León, que tuvo que confesar su culpa y explicar al Santo lo que había visto. Entonces éste decidió explicarle lo sucedido: «Yo estaba viendo por un lado el abismo infinito de la sabiduría, bondad y poder de Dios, pero también mi lamentable estado de miseria. Y el Señor, desde aquella luz, me pidió que le ofreciera tres dones. Le dije que sólo tenía el hábito, la cuerda y los calzones, y que aún eso era suyo. Entonces me hizo buscar en el pecho, y encontré tres bolas de oro, y se las ofrecí, comprendiendo enseguida que representaban los votos de obediencia, pobreza y castidad, que el Señor me ha concedido cumplir de modo irreprochable. Y me ha dejado tal sensación, que no dejo de alabarlo y glorificarlo por todos sus dones. Mas tú guárdate de seguir espiándome y cuida de mí, porque el Señor va a obrar en este monte cosas admirables y maravillosas como jamás ha hecho con criatura alguna«. Fray León no pudo dormir aquella noche, pensando en lo que había visto y oído.
Uno de aquellos días se apareció un ángel a San Francisco y le dijo: «Vengo a confortarte y avisarte para que te prepares con humildad y paciencia a recibir lo que Dios quiere hacer de ti«. «Estoy preparado para lo que él quiera«, respondió el Santo.
La madrugada del 14 de septiembre, fiesta de la Exaltación de la Santa Cruz, antes del amanecer, estaba orando delante de la celda y rogaba al Señor «experimentar el dolor que sentiste a la hora de tu Pasión y, en la medida de los posible, aquel amor sin medida que ardía en tu pecho, cuando te ofreciste para sufrir tanto por nosotros, pecadores«; y también, «que la fuerza dulce y ardiente de tu amor arranque de mi mente todas las cosas, para yo muera por amor a ti, puesto que tú te has dignado morir por amor a mi». De repente, vio bajar del cielo un serafín con seis alas. Tenía figura de hombre crucificado. San Francisco quedó embelesado, sin entender nada, aquel ser le miraba con gran bondad y le hacía sentir tristeza y alegría . Y mientras se preguntaba la razón de aquel misterio, se le fueron formando en las manos y pies los signos de los clavos, tal como los había visto en el crucificado. En realidad no eran llagas o estigmas, sino clavos, formados por la carne hinchada por ambos lados y ennegrecida. En el costado, en cambio, se abrió una llaga sangrante, que le manchaba la túnica y los calzones.
Explicaba fray León que el fenómeno fue más palpable y real de lo que muchos creen, y que estuvo acompañado de otros signos extraordinarios corroborados por testigos, que creyeron ver el monte en llamas, iluminando el contorno como si ya hubiese salido el sol. Algunos pastores de la comarca se asustaron, y unos arrieros que dormían se levantaron y aparejaron sus mulas para proseguir su viaje, creyendo que era de día. San Buenaventura escribirá «más tarde se comprobó la veracidad del hecho, no sólo por los signos evidentes, sino también por el testimonio explícito del Santo«.
Fray León fue el encargado de hacer de enfermero de San Francisco, le lavaba y curaba las heridas a diario , excepto el viernes , ese día San Francisco no quería que nadie mitigara sus sufrimientos, ese día compartía con nuestro Señor la Pasión.